La generación del conocimiento químico no se limita al saber estrictamente empírico que proporcionan los comportamientos particulares o el establecimiento de leyes experimentales. Uno de los principales objetivos es desarrollar modelos teóricos explicativos (teorías) que nos permita comprender las características y las transformaciones de la materia. Las teorías elaboradas, no sólo explican e interpretan las observaciones conocidas, sino que también proporcionan nuevos campos de investigación estando en continua revisión ya que no son inmutables.

A lo largo de la historia de la Química han existido distintas teorías, e incluso, convivido en determinados periodos teorías que proporcionaban explicaciones diferentes de unos mismos hechos. La validez de las teorías la proporciona la aceptación de la comunidad científica de la época. El cambio de una teoría por otra es un proceso difícil y costoso ya que implica un cambio de creencias y una reestructuración de los métodos de trabajo.